Samostojni podjetniki se ob ustanovitvi podjetja v sklopu računovodstva lahko odločijo med dvema sistemoma vodenja poslovnih knjig: lahko vodijo enostavno ali dvostavno knjigovodstvo. O izbranem sistemu vodenja poslovnih knjig morajo Davčno upravo obvestiti najkasneje v osmih dneh po začetku poslovanja. Izbranega sistema podjetnik med letom ne sme spreminjati, v kolikor se odloči za spremembo, mora davčni organ obvestiti najkasneje do 31. decembra tekočega leta.

Kakšna je razlika med enostavnim in dvostavnim knjigovodstvom? Najpomembnejša razlika je, da se pri enostavnem knjigovodstvu vsak znesek v poslovne knjige zabeleži samo enkrat, pri dvostavnem knjigovodstvu pa dvakrat (na dva konta).

Enostavno knjigovodstvo je primerno za tiste podjetnike, ki mesečno sklenejo manjše število poslov. V primeru, da podjetje mesečno izda in prejme veliko število računov, se priporoča dvostavno knjigovodstvo. Dvostavno knjigovodstvo je v primerjavi z enostavnim knjigovodstvom veliko močnejše orodje in da veliko več informacij.